Ο Ναπολέων Λαπαθιώτης γεννήθηκε στην Αθήνα και είναι γιος του Λεωνίδα Λαπαθιώτη, αξιωματικού του ελληνικού στρατού με καταγωγή από την Κύπρο, ο οποίος έφτασε ως το βαθμό του στρατηγού και έγινε υπουργός Στρατιωτικών μετά από συμμετοχή του σε κίνημα στο Γουδί, και της Βασιλικής Παπαδοπούλου, ανιψιάς του Χαρίλαου Τρικούπη.
Στην ηλικία των δέκα ετών μετακόμισε με την οικογένειά του στο Ναύπλιο, όπου τέλειωσε το σχολείο, έμαθε αγγλικά, γαλλικά και ιταλικά, και παρακολούθησε επίσης μαθήματα πιάνου και ζωγραφικής.
Το 1905 γράφτηκε στη Νομική Σχολή της Αθήνας, όπου αποφοίτησε αλλά δεν άσκησε όμως ποτέ το επάγγελμα του δικηγόρου.
Το 1905 ενώ ήταν μόλις δεκαεφτά χρόνων δημοσίευσε στο Νουμά το ποίημα Έκσταση.
Το 1907 υπήρξε ιδρυτικό μέλος του ποιητικού περιοδικού Ηγησώ, στα δέκα συνολικά τεύχη του οποίου δημοσίευσε δεκαέξι ποιήματα ως το 1908, οπότε το περιοδικό έκλεισε και ο Λαπαθιώτης άρχισε τη λογοτεχνική και δημοσιογραφική συνεργασία του με την εφημερίδα Εσπερινή και το περιοδικό Ελλάς του Σ.Ποταμιάνου.
Τον ίδιο χρόνο γνωρίστηκε με το Χρηστομάνο και το Σικελιανό. Ακολούθησαν συνεργασίες του με τα περιοδικά Δάφνη και Ανεμώνη (1909-1910) με την εφημερίδα Ελεύθερο Βήμα (από το 1924) με το περιοδικό Η Διάπλασις των παίδων (1925), με το περιοδικό Μπουκέττο (1931), με τη Νέα Εστία (1933 – όπου δημοσίευσε μεγάλο μέρος του λογοτεχνικού του έργου), την Πνευματική Ζωή (1938) και τα Νεοελληνικά γράμματα (1940). Το 1917 συμμετείχε στο κίνημα της Εθνικής Άμυνας και υπηρέτησε ως έφεδρος ανθυπολοχαγός κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών πολέμων. Μετά τα Νοεμβριανά γεγονότα του 1920 κατέφυγε για λίγο καιρό με την οικογένειά του στην Αίγυπτο, όπου γνωρίστηκε με τον Καβάφη. Το 1937 πέθανε η μητέρα του και τρία χρόνια αργότερα ο πατέρας του, ο θάνατος του οποίου είχε καταλυτική επίδραση στη ζωή του ποιητή. Η μοναδική ποιητική συλλογή που εξέδωσε ήταν η Τα πρώτα ποιήματα (1939). Εθισμένος στις ναρκωτικές ουσίες αναγκάστηκε να ξεπουλήσει τη βιβλιοθήκη του και αυτοπυροβολήθηκε το 1944 στο σπίτι του στα Εξάρχεια. Ο Ναπολέων Λαπαθιώτης ξεκίνησε την ενασχόλησή του με την ποίηση με σαφείς επιρροές από το ρεύμα του αισθητισμού (νεανικά του πρότυπα στάθηκαν οι Walter Pater και Oscar Wilde). Δημοσίευσε μανιφέστα για τον αισθητισμό και προσπάθησε να αντιδράσει στο ασφυκτικά συντηρητικό κλίμα της εποχής του με τολμηρούς στίχους και προκλητικές εμφανίσεις. Η θλίψη που χαρακτήριζε τη ζωή του τον οδήγησε στα τελευταία χρόνια του σε συμβολιστικές επιλογές με έντονα μελαγχολικό τόνο και σταθερή πάντα την επιμελημένη μορφή των ποιημάτων του. Έγραψε επίσης λογοτεχνικές μεταφράσεις και θεατρικά έργα (Νέρων ο τύραννος[1900], Η τιμή της συζύγου [1901], Τα μεσάνυχτα ως το γλυκοχάραμα [1908]) και ασχολήθηκε με το λογοτεχνικό δοκίμιο και τη μουσική σύνθεση.

Ποιητικά του έργα:

Ι.Ποίηση
• Τα πρώτα ποιήματα· Επιλογή. Αθήνα, Πυρσός, 1939.
• Τα ποιήματα · Εισαγωγή, σχόλια, παρουσίαση Άρη Δικταίου. Αθήνα, Φέξης, 1964.
ΙΙ.Μεταφράσεις
• H.G. Wells, Η μηχανή που τρέχει μες στο χρόνο. Αθήνα, Βασιλείου, 1921.
• Gide Andre, Όσκαρ Ουάιλντ. Αθήνα, Φλόγα, 1944.
ΙΙΙ.Θέατρο
• Νέρων ο τύραννος · Δράμα εις δύο πράξεις. Αθήνα, 1901.
ΙV. Αυτοβιογραφικά κείμενα
• Η ζωή μου · Απόπειρα συνοπτικής αυτοβιογραφίας · Φιλολογική επιμέλεια Γιάννης Παπακώστας. Αθήνα, Στιγμή, 1986.
V. Συγκεντρωτικές εκδόσεις
• Τα Ποιήματα• Εισαγωγή, σχόλια, παρουσίαση Άρης Δικταίος. Αθήνα, Φέξης, 1964.

Αποφθέγματα:

1. Στους βάρβαρους λαούς οι βασιλείς κάνουν ανθρωποθυσίες για τους Θεούς των και τους νεκρούς των. Στους πολιτισμένους οι ιθύνοντες κάνουν ανθρωποθυσίες για τα συμφέροντά τους.

2. Το να υπάρχουν άνθρωποι – κι όχι μόνο Γερμανοί ή Ιταλοί – που να θαυμάζουν τον Χίτλερ και τον Μουσολίνι και να τους θεωρούν”μεγάλους άνδρες”, δείχνει πόσο χαμηλό είναι, ακόμα, το πνευματικό επίπεδο ενός μέρους σοβαρού της ανθρωπότητος, και πόση αθλιότης διανοητική βασιλεύει στον κόσμο, και τώρα, στον καιρό μας.